Dès 1936, dans une allocution au Congrès de la Société Canadienne d’histoire de l’Église, le Cardinal Villeneuve lance l’idée d’une croisade de prières au Canada « afin de sortir de sa léthargie le peuple canadien en obtenant par une supplication d’envergure nationale la canonisation des apôtres éminents qui ont fondé l’Église Canadienne et qui ont sombré dans l’oubli dans la population canadienne ». Par la lettre collective du 25 juillet 1942, les évêques confient la croisade de prières en faveur de la glorification des pionniers de la Foi au Canada à un groupe d’ecclésiastiques qui prend le nom de Comité des Fondateurs de l’Église du Canada (CFEC). D’abord limités aux quatre fondateurs Mgr de Laval, Marie- de- l’Incarnation, Catherine de Saint-Augustin et Marguerite Bourgeoys, le CFEC ajoute bientôt Jeanne Mance et Marguerite d’Youville. Le CFEC a une triple vocation. 1) Centre de compilation, il tient des registres des faveurs attribuées aux saints fondateurs. 2) Il est en outre un centre de documentation actif, en alimentant la prédication et la propagande grâce notamment avec des plans de sermons et d’études et à la diffusion de nombreuses publications. 2) Enfin, le CFEC est un centre de propagande, en organisant la diffusion de la dévotion aux fondateurs de l'Église canadienne.
Depuis ses origines, le CFEC travaille par ailleurs en très étroite collaboration avec des centres de postulation, dirigés par un postulateur résidant à Rome, assisté d’un vice-postulateur au Canada, désignés par l’Assemblée Épiscopale Ces centres, qui sont des organismes canoniquement constitués, servent d’auxiliaire de publicité et de propagande et ont la responsabilité de faire les démarches pour hâter la béatification et la canonisation de l’un ou l’autre fondateur. Les centres de postulation sont situés à Québec, chez les Ursulines (pour Marie-de-l’Incarnation), les Hospitalières de l’Hôtel Dieu (Catherine de Saint-Augustin) et au Séminaire (Mgr de Laval); et à Montréal : les Sœurs Grises soutiennent la cause de Marguerite d’Youville; les Dames de la Congrégation celle de Marguerite Bourgeoys tandis que Jeanne Mance est soutenu par l’Hôtel Dieu de Montréal. À partir des années 1980, la béatification et la canonisation des Fondateurs étant réalisés, le CFEC élargit son action à d’autres vénérables et bienheureux canadiens, en promouvant notamment la cause en béatification et en canonisation de Marie-Anne Blondin, Elisabeth Bergeron, Mgr Bourget, Mère Bruyère, Frère André, Rosalie Cadron-Jetté, Aurélie Caouette, Marie-Rose Durocher, Émilie Gamelin, Frédéric Janssonne, le Père Lelièvre, le Père Marie-Clément Staub, le Frère Théophanius Chatillon, Elisabeth Turgeon. Le CFEC renouvelle ses statuts en 1992, par lesquels le Comité gagne son autonomie à l’égard de l’Assemblée des Évêques du Québec et adapte ses objectifs aux temps modernes. Le Comité est dissout à la fin de 2013.
Au cours de son histoire le CFEC a connu de nombreux présidents et secrétaires. Les présidents : Philippe Perrier (1942-1947), Chanoine Lionel Groulx (1947-1966), Mgr Jean-Louis Beaumier (1966-1976), Mgr Louis Aucoin (1976-1993), Roger Leclerc (1993-1999), Gentil Turcotte (1999-2002) et Roger Leclerc (2003-2013). Les secrétaires : Émile Gervais (1941-1967); Paul-Émile Racicot (1967-1969); Abbé Jean Mercier (1969-1975), Gilbert Lévesque (1976-1980), Thérèse Leduc (1980-2000), Gabrielle Morin (2001-2002) et Jacques Lemieux (2002-2013).